541 brach im ägyptischen Pelusion eine bislang unbekannte Krankheit aus. Die Menschen litten an Fieber, doch zu Beginn schienen die Infektionen harmlos zu verlaufen. Bald darauf sah man aber bei den Erkrankten Schwellungen an der Achselhöhle. Während die einen bewusstlos wurden, verfielen andere in Raserei; einige waren von schwarzen Blasen übersät und verstarben bald, bei anderen begannen die Beulen zu eitern. Genesene litten nach der Erkrankung mitunter an Sprachstörungen oder abgestorbenen Gliedmaßen.
Die Seuche breitete sich rasend schnell aus. Von Ägypten gelangte sie über die Küsten ins Hinterland und erreichte schließlich Konstantinopel, wo sie mindestens vier Monate lang wütete. Der Geschichtsschreiber Prokop spricht von zunächst 5.000, dann 10.000 und mehr Toten am Tag. Er berichtet von der dramatischen Lage: Es habe nicht mehr genug Lebende gegeben, um die Toten zu bestatten. Die Bevölkerung hätte sich in ihren Häusern verbarrikadiert. Wenn man dann doch einen lebenden Menschen auf der Straße erblickte, habe er eine Leiche getragen. Johannes von Ephesos, der in dieser Zeit das Reich bereiste, berichtet von aufgegebenen Dörfern, totem Vieh auf den Weiden und fürchtete jeden Tag, dass ihn auch bald selbst der Tod ereilen würde.